محلول کلرهگزدین جهت آماده سازی کانال ریشه، شستشو روت کانال جهت از بین بردن باقیمانده ها، استفاده در موارد عفونت آنتروکوک فوکالیس و یا کاندیدا آلبیکانس و التهاب های غیر قابل التیام در اطراف راس ریشه استفاده می شود.